تقریبا در قرن ششم میلادی (بودیسم) وارد ژاپن شد و منجر به درگیری بین کسانیکه می خواستند بودیسم را بصورت یک مذهب رسمی
درآورند وکسانیکه از (شینتوایسم) بعنوان مذهب ملی طرفداری می کردند شد. طبق شواهد موجود پیشینیان نینجاهای ژاپنی از طرفداران بودیسم بودند و به همین دلیل یاغی نام گرفتند، آنها در اوایل قرن هفتم برای فرار از شکنجه مذهبیون و کشته شدن توسط نیروهای سلطنتی به کوهستانهای نزدیک کیوتو رفتند و بعدها (یامابوشی یا زاهدان کوهستان) نام گرفتند.
آنها فلسفه عارفانه خود را بر پایه واقع بینی عملی پایه گذاری کردند و برای حمایت از خود دانش و تمرین هنرهای رزمی و
استراتژی نظامی را باترس روانی و قدرتهای اسرارآمیز ترکیب کردند تا بتوانند با نیروهای نظامی کم خود در دل دشمنان ترس ایجاد کنند.
یکی از رهبران یامابوشی ها تلاش کرد که بین پیروان بودیسم و طرفداران شینتوایسم صلح ایجاد نماید که نتیجه آن سرازیر شدن جنگجویان دولتی برای سرکوبی یاموبوشی ها شد. البته این عمل نیروهای دولتی باعث شد تا یامابوشی ها یا نینجاها به تکمیل فنون رزمی و جنگی خود که بوسیله آن در برابر دشمنان مقاومت می کردند بپردازند. در سال ۱۱۹۲ با شروع
دوران فئودال ژاپن تعدادی از طوایف فامیلی نینجاها منشعب شدند و به چریکهای حرفه ای و نیروهای سری تبدیل شدند که به استخدام اربابان ایـالات مختلف (دایمیوها) در می آمدند. در بین سالهای ۱۱۹۲ و ۱۳۳۳ بعد از میلاد تعداد مکتبهای نینجا به ۲۵ مکتب با تکنیک های خاص خود رسید. در اکثر این سالها دو ایالت (کوگا و ایگا) در ژاپن توسط نینجاها اداره می شد.
خانواده های (هاتوری، موموچی، و فوجی بایاشی) از معروف ترین خانواده های نینجا بودند. از تحقیقات بدست آمده عقیده بر این است که هنر رزمی نینجوتسو ریشه در قلب تاریخ کهن چین و ژاپن دارد، عقاید و نظرات فراوانی از شروع و گسترده شدن این هنر رزمی درجهان وجود دارد.
هنر رزمی نینجوتسو با قدمت ۸۰۰ ساله ریشه در تاریخ دارد و در حقیقت هنری است که مسئولیت پذیری را می طلبد. یک هنرجوی نینجوتسو برای پیروز شدن نیازمند اصول اولیه است که از جمله برخورداری از روحی قوی، قلبی آزاد، هوشی سرشار، روحیه مبارزه طلبی و شرایط روحی عالی و تمرکز حواس میباشد . نینجاها یک سیستم و نظم خاص و دقیقی داشتند که توسط یک رهبر که به آن (جونین) می گفتند اداره می شد و به کسانی که به نینجاها ماموریت می دادند (چونین) می گفتند. به طبقات پائین تر که
ماموریت انجام می دادند (جینین) می گفتند . جینین ها در واقع هیچگاه دستورات را بطور مستقیم از جونین دریافت نمی کردند بلکه چونین ها به عنوان واسطه بین جونین و جینین ها عمل می کردند و دستورات و پیامهای جونین را به جینین ها می رساندند.
جینین ها برای انجام ماموریت با طرز استفاده اغلب سلاحهای زمان خود آشنائی کامل داشتند و روانشناسی جامعه را بخوبی می دانستند و با همدیگر از طریق رمز ارتباط داشتند. اگر احیانا یک نینجا به دام می افتاد و اسیر می شد (که بسیار کم رخ می داد) مردم او را زجر فراوان می دادند تا بتوانند اسرار آنها را بدست آورند. بعضی از خانواده های نینجا به دلیل جنگ داخلی
(دایموها) به قدرت و نفوذ رسیدند و اغلب در مناطق ایگا و کوگا در شرق دریاچه بیواء اقامت گزیدند (ادا نبون اگا) که می خواست تمامی
نیروهای نظامی ژاپن را متحد نماید در سال ۱۵۸۱ ارتشی متشکل از ۴۶ هزار نفر را به جنگ نینجاها که ۴ هزار نفر بودند، فرستاد.
در این نبرد نابرابر اغلب نینجاها کشته و یا اسیر شدند و آن تعداد که توانستند، به کوه ها فرار کرده و با مردم کوهستان به تکمیل فنون مخصوص خود و هر چه کاربردی تر کردن آن پرداختند و هنرهای رزم خود را از پدر به پسر منتقل کردند.
همچنین در افسانه‌های ژاپنی آمده که نینجاها از نسل هیولایی هستند که نیمی انسان و نیمی کلاغ بود. بر اساس بیشتر منابع تاریخی نینجاها به تدریج خود را به عنوان نیروی مخالف همتایان طبقه بالاتر خود یعنی سامورایی‌ها در دوران حکومت فئودال‌ها بر ژاپن مطرح کردند و تکامل این هنر رزمی بین قرن ششم تا نهم میلادی در ژاپن اتفاق افتاد. پس از سقوط امپراطوری تانگ در چین در سال ۹۰۷ میلادی، تعدادی از فرماندهان
نظامی چینی به ژاپن آمدند و تاکتیک‌ها و نظریات جدید جنگی را با خود به این جزیره آوردند. در دهه ۱۰۲۰ میلادی
هم راهبان بودایی چینی وارد ژاپن شدند و دانش پزشکی و نظریات جنگی خود را هم که بسیاری از آن‌ها از هند ریشه گرفته و در تبت و نقاط مختلف چین تکامل یافته بود به ژاپن آوردند و روش‌های خود را به راهبان جنگجوی ژاپنی و اولین طایفه‌های نینجا آموختند. دایسوکه توگاکوره سامورایی خلع‌شده، و کاین دوشی راهب جنگجوی چینی، نخستین نینجاهایی
بودند که برای اولین بار قواعدی را برای این هنر رزمی تدوین کرده و جانشینان دایسوکه نیز نخستین نینجا ریو یا مدرسه نینجوتسو را با نام توگاکوره ریو تاسیس کردند. نینجوتسو به این ترتیب رقیبی برای مکتب بوشیدو سامورایی‌ها شد. سامورایی‌ها وفاداری و شرافت را بر هر چیز مقدم می‌داشتند و بوشیدو سیستم رزمی آن‌ها بسیار اصیل و منسجم بود اما روش‌های جنگی آن‌ها همیشه کارآمد نبود. برتری نینجاها درست در همین مسئله بود. نینجاها انجام ماموریت به هر شکل ممکن را بر هر چیز مقدم می‌داشتند. حمله ناگهانی، مسموم کردن، فریب و جاسوسی از نظر سامورایی‌ها ناجوانمردانه بود اما از روش‌های اصلی رزمی نینجاها محسوب می‌شد.
این عقیده که نینجوتسو همراه با آئین بودا به ژاپن وارد شده قویتر و محکمتر است ، سالهای گذشته در چین و ژاپن به مهارتهای یک نینجا اهمیت های فراوانی داده میشد .

اولین سند نوشته شده ای که در آن نینجوتسو نامبرده شده است کتابی سیزده جلدی مربوط به استراتژی نظامی ( علوم لشکر کشی ) با نام “” هنر رزم “” که توسط ( سان تزو ) نوشته شده است استفــاده از نینجــوتسو به عنــوان یک تاکتیک نظـامی در آخرین جلد این کتاب و در بخشی بنام “” یوما “” شرح داده شده است .
آموزش در نین جوتسو به ۹ قسمت از مبتدی تا عالی دسته بندی شده:
۱-.یادگیری و مهارتهای پایه
۲-.یادگیری نظم و انضباط
۳-.فراگیری فنون مقابله با حریف
۴-.هنر آکروبات رزمی
۵-.کلاس‌های شیدوشی کای
۶-.یادگیری انواع تمرینات
۷-.نحوه فراگیری عبور از موانع
۸-.کاربرد سلاح در هنر رزمی
۹-.آموزش شنا در آب

یکی از برجسته ترین خصوصیات نین جوتسو این است که بدن و جسم را پایگاه فکر و اندیشه می‌داند و کالبد آدمی را آموزش می‌دهد تا با آن روح را بسازد. اصول اصلی و اجرای تکنیک‌ها نیاز به سرعت، تعادل، تمرکز، قدرت و تنظیم زمان تنفس و کنترل آن دارد و بدون آن فاقد ارزش است که از شعار های نین جوتسو نیز می باشد یعنی” قدرت سرعت تعادل انعطاف تمرکز پنج هنر نینجاست .
نینجاها بایستی ۱۸ مهارت مختلف را کسب کنند که در طومارهای «توگاکوره ریو» نخستین مدرسه نینجوتسو فهرست شده‌ است؛

۱-سئی شین تکی کیویو – SeiShin Teki Kyoyo – فرهنگ یا پالایش روحی – 教養
۲-تای جوتسو – Tai Jutsu – مبارزه بدون سلاح – 体術
۳-نینجاتو – Ninjato – مبارزه با شمشیر – 忍者剣
۵-بوجوتسو – Bo Jutsu – مبارزه با چوب – 棒術
۵-شوریکن جوتسو – Shouriken Jutsu – هنر استفاده از ستاره نینجا – 手裏剣
۶-سو جوتسو – So Jutsu – مبارزه با نیزه – 槍術
۷-ناگی ناتا جوتسو – Nagi Nata Jutsu – مبارزه با تبرزین – 長刀術 یا 薙刀術
۸-کوساری کاما جوتسو – KusariGama Jutsu – داس و زنجیر – 鎖鎌
۹-کایاکو جوتسو – Kayaku Jutsu – هنر آتش و انفجار – 火薬術
۱۰-هن سو جوتسو – Henso Jutsu – هنر تغییر چهره و جعل هویت – 変装術
۱۱-شینوبی ایری – Shinubi Iri – ورود مخفیانه به اماکن
۱۲-با جوتسو – Ba Jutsu – هنر سوارکاری
۱۳-سوئی رن جوتسو – Sui Ren jutsu – تمرینات در آب – 水練
۱۴-بوری یاکو – Boryaku – تاکتیک و استراتژی – 謀略
۱۵-چوهو – Choho – جاسوسی و کسب اطلاع – 諜報
۱۶-این تون جوتسو – Inton Jutsu – هنر فرار و مخفی شدن –
۱۷-تن من- Ten mon – شناخت وضعیت آب و هوا – 天門
۱۸-چی مون – chi mon – جغرافیا و جهت شناسی – 地門

نیرنگ و شبیخون دو امر بسیار مهم برای نینجاهاست. نینجاها سعی می کنند تا دشمن را طوری فریب دهند که قادر به محاسبات و تصمیم گیری نباشد. نینجا ها همیشه سعی می کنند که از تقدم و برتری دشمن جلوگیری کنند. نینجا ها در زمانی که دشمن آماده نیست حمله می کنند و دشمن را تحت تاثیر قرار می دهند به صورتی که او را به ضعف می کشانند. بیشتر نینجا ها ترجیح می دهند تنها کار کنند اما در شرایطی به صورت گروهی کار می‌کنند. ترفند هایی که اعمال خارق العاده او بر اساس آن شکل می گیرد سه دسته هستند:

۱٫نفوذ کردن

۲٫نامرئی شدن

۳٫گریختن

در حال حاضر هنر رزمی نین جوتسو در جهان زیر نظر سوکه ماساکی هاتسومی دنبال می‌شود. جناب هاتسومی
این هنر دیرین را دوباره زنده کرده و به عنوان استاد بزرگ نه مدرسه و مکتب (ریو) نین جوتسو ژاپن مورد پذیرش
قرار گرفته‌اند. این نه مدرسه که با اسامی:
۱-شین دن فودو ریو
۲-گیوکو ریو
۳-کوتو ریو
۴-گیکان ریو
۵-کوکی شیندن ریو
۶-تاگاکی یوشین ریو
۷-توگاکوره ریو
۸-کوموگاکوره ریو
۹-گیوکوشین ریو
شناخته می‌شوند همه تحت نظر و مدیریت هاتسومی به آموزش اصول نین جوتسو در قالب ۱۸ هنر رزمی نین جوتسو می‌پردازند. این رشته از هنرهای
رزمی در بسیاری از کشورها از جمله ایران به عنوان یک رشته ورزشی شناخته شده‌است و طرفداران بسیاری دارد.

سوک ماساکی هاتسومی 

سوک ماساکی هاتسومی متخصص اسخوان و سی و چهارمین استاد بزرگ از خاندان تاگاکور نینجا است او رهبری ۹ بوجین کان دوجو را در ژاپن به عهده دارد از جمله «مدرسه خدای شیطان ،خدای جنگجو،تالار روح و مرد جنگی » را میتوان نام برد؛ لقب او سوک و جنگجوی بزرگ است که توسط تاکاماتسو به او داده شده؛ دکتر هاتسومی می‌گوید:«در مقایسه جودو و کاراته ، نین جوتسو عقاید تعصب انگیزی ندارد.
نین جوتسو هنر کامل و آزاد است که مسئولیت پذیری را می طلبد. یک هنر جوی نین جوتسو برای پیروز شدن ،نیازمند روحی قوی و قلبی آزاد است ؛استاد تاکاماتسو نیز می‌گوید :«زندگی تغییر است » و ما در نین جوتسو،تحول را یک اصل می دانیم تحولی که هنر را به کمال می رساند . سوک هاتسومی هر ساله برای پیشرفت و کاربرد بیشتر هنر نین جوتسو مراسمهای متعددی رابرنامه ریزی می کند از جمله مراسمهای شی دوشی کای که اکثریت شرکت کنندگان آن خارجیان می باشند.